Το ΠΙΟΠ έχει αναπτύξει και εφαρμόζει Σύστημα Περιβαλλοντικής και Ενεργειακής Διαχείρισης, το οποίο οργανώνει με τον πλέον συστηματικό τρόπο την παρακολούθηση, τη διαχείριση και τελικά τη μείωση των περιβαλλοντικών επιπτώσεων που σχετίζονται με τις δραστηριότητές του, βελτιώνοντας παράλληλα την ενεργειακή του επίδοση. Το Σύστημα Περιβαλλοντικής Διαχείρισης εφαρμόζεται στο σύνολο των κτηρίων και των δραστηριοτήτων του ΠΙΟΠ.
Η πρώτη Περιβαλλοντική Δήλωση του Ιδρύματος επαληθεύτηκε, σύμφωνα με τις απαιτήσεις του κανονισμού EMAS, από την Κυπριακή Εταιρεία Πιστοποίησης [reg. no. EMAS ELV-0009 (αριθ. 549)], στις 14.3.2014. Το Ίδρυμα, σύμφωνα με την υπ' αριθμ. 50486/1466 /27.10.2014 υπουργική απόφαση, καταχωρίστηκε στο ελληνικό μητρώο του EMAS (αριθμός καταχώρησης EL-000110).
Το Σύστημα Περιβαλλοντικής και Ενεργειακής Διαχείρισης του ΠΙΟΠ έχει λάβει τις ακόλουθες πιστοποιήσεις από την Κυπριακή Εταιρεία Πιστοποίησης [reg. no. EMAS ELV-0009 (αριθ. 549)]:
